Strona główna > felietonik > Mierzyć ludzi swoją miarą

Mierzyć ludzi swoją miarą

Bo przecież nie ulega wątpliwości, że biorąc stypendium od firmy takiej jak Gazprom, zaciąga się pewne zobowiązanie. A i stypendia zapewne będą przyznawane jedynie osobom, rokującym z punktu widzenia Gazpromu odpowiednie nadzieje.

Łukasz Warzecha „Szkoła agentów wpływu”

No i w końcu wiadomo, czemu akurat po prawej stronie mocy pełno jest rozmaitych kreacjonistów, denialistów, antyszczepionkowców, czy Bóg jeden wie, kogo  jeszcze. Otóż, oni wszyscy, traktują naukę, nie tyle, jako próbę tłumaczenia rzeczywistości, ale po prostu, jako spłacanie zobowiązań u swych fundatorów. Stąd wszelkie badania rozmaitych papieskich uczelni, czy uniwerków dotowanych przez biznes naftowy, z miejsca chyba można wyrzucić do kosza.  Bo przecież nie ulega wątpliwości, że biorąc stypendium od firmy takiej jak Shell…

Jak na znawcę spisku globalnego ocieplenia, przeciwnika protokołu z Kioto, jest to więc popisowy strzał w stopę, choć  z drugiej strony, pan redaktor pensję pobiera od niemieckiego wydawcy, więc możemy odetchnąć z ulgą. Ruskim szpionem bynajmniej nie jest. Ale mało tego, wedle poglądu red. Warzechy, bycie agentem wpływu jest chyba dożywotnie, bo przecież, nawet nie  rozważa sytuacji, w której jakiś doktorant zdradzieckie srebrniki do zbierania materiałów wykorzysta, a potem, gdy już doktorat napisze, na Gazprom się po prostu wypnie. Jest więc stypendium zobowiązaniem, już nie tyle regulowanym przez polskie prawo, co wręcz ustalaną przez Gazprom swoistą rentą dożywotnią, paktem z diabłem, a jak stypendysta, coś złego na Rosję powie, to kaplica, rad, pollon i Litwinienko – ten ostatni powstaniec warszawski.

Co prawda, jeśli, stypendia zapewne będą przyznawane jedynie osobom, rokującym z punktu widzenia Gazpromu odpowiednie nadzieje, to wydaje się, że takie osoby rokujące w ogóle istnieją, więc po co ich Gazprom ma opłacać? Skoro i bez opłaty po gazpromowemu gadają? Może chodzi jedynie o ich wypromowanie, wyłowienie zdrajców, którzy na stosunki polsko-rosyjskie mają pogląd inny, niż Jego Świątobliwość Lech Aleksander Kaczyński? Ale to znowu oznaczałoby, że tacy ludzie w Polsce nie dominują, że salon nie jest co cna przesiąknięty zgrają pożytecznych rusofilów, co krasnoarmiejcom świeczki zapalają. Więc niedawne, Warzechowe lamenty na temat kolejnej, prorosyjskiej narracji, są warte tyle, co wynik badań katolickich kreacjonistów.

Reklamy
  1. m.pawlak.50
    23/05/2010 o 9:41 pm

    Mierzenie „rozumu” p. Warzechy ludzką miarą jest, delikatnie mówiąc< nierozsądne. Ten ludzik to niezwykle rozwinięty model dup[owliz bezwazelinowego. Włazi PiS'owi bo tak mu wyszło, bo tak sobie obstawił……

  2. 23/05/2010 o 9:45 pm

    Na moje to on zaczął włazić PiSowi, po D-Day 10 kwietnia.

  3. Koniec Polski Prawej
    23/05/2010 o 10:09 pm

    galopujący major :Na moje to on zaczął włazić PiSowi, po D-Day 10 kwietnia.

    Znacznie wcześniej Nie pamietam czy To Ziemkiewicz zaczął Go zapraszac do TVPiS do Antysalonu czy ktos zrobił to wczesniej

  4. vHF
    23/05/2010 o 11:09 pm

    Fajnie ze ktos tez ten tekst wylowil, ja bylem lekko zszokowany jak go znalazlem.

    Felieton Warzechy mowi duzo o jego rozumieniu nauki, wiecej moze nawet niz jego climate-denialism. Otoz nauka jest—byc moze nawet z definicji—podejrzana. Naukowcy staraja sie stworzyc wrazenie ze zajmuja sie rzeczami poza zasiegiem umyslu przecietnego Warzechy, i w ten sposob uwolnic sie spod tego Warzechy oceny. A przeciez cala te nauke to sie da wziac na chlopski, Warzeszy rozum, i wtedy te wszystkie machinacje wychodza, vide tzw. ocieplenie klimatu, he he.

    Finansowanie nauki jest jeszcze bardziej szemrana sprawa. Skoro bowiem kwestie naukowe sie na prosty chlopski rozum daja wziac, to przeciez nie moze byc potrzeba wydawac na nauke takich kolosalnych pieniedzy. A skoro tak, to oni te pieniadze de facto kradna, i finansuja z nich te swoje PAN-y i inne instytuty. A skoro kradna, to sa ludzmi niemoralnymi i niegodnymi zaufania (patrz rowniez wyzej o manipulacjach), i w zwiazku z tym jesli Gazprom im placi, to znaczy ze ich przekupuje, tym bardziej ze Gazprom jako wcielenie Szatana ze wszystkich wyluszczonych tu kwestii doskonale zdaje sprawe.

    Idac dalej tym tropem nalezy podkreslic kolosalna niesprawiedliwosc tego stanu rzeczy: podczas gdy normalni ludzie musza ciezko pracowac na swoje pensje, meczyc sie z buspasami, itp., naukowcy kasuja ciezkie pieniadze za nic. Profesor na uniwersytecie dostaje pewnie jakies 6 tysiecy miesiecznie, i chociaz sam Warzecha dostaje wiecej (no bo w koncu o ile wazniejsza dla kraju robote odwala), to i tak jest to o wiele wiecej niz dostaje przyslowiowy zmianowy robotnik; a na dodatek Warzecha musi sie przed nimi w radiu plaszczyc i mowic „panie profesorze”, zamiast strzelic komuszego zloga w gebe.

    No a juz najbardziej deta sprawa jest ze stypendiami dla studentow. Warzecha na studiach byl—tak, tak!—i wie, tak jak wiedza wszyscy co tez byli, ze stypendia dostaja te lizusy, co to egzaminy zdaja bez uczenia sie i przekomarzaja sie z doktorami. Dobry student bieduje; dobry student uczy sie ciezko; dobry student cwiczeniowcow nie lubi; ergo, dobry student stypendiow nie dostaje: dostaja miastowe sprzedawczyki bez kregoslupa.

    Uff, ulzylo mi. Pozdrowienia dla wszystkich od agenta wplywu wielu roznych nacji.

  5. hamilton
    23/05/2010 o 11:10 pm

    właśnie odezwał się w s24 Ziemkiewicz, który, jak mówi Wikipedia (zresztą i sam Z się tym szczyci), zaciągnął zoboiwiązanie w pewnej amerykańskiej, mocno konserwatywnej fundacji.

    http://pl.wikipedia.org/wiki/Rafa%C5%82_A._Ziemkiewicz#Dziennikarstwo_i_publicystyka

    http://www.dentonfoundation.org/

    fajny kawałek o jednym z programów owej fundacji: „The ONE NATION UNDER GOD program organizes support for abolishing the false premise that there is a constitutionally erected „wall of separation between church and state.”

  6. 23/05/2010 o 11:17 pm

    Koniec Polski Prawej :

    galopujący major :Na moje to on zaczął włazić PiSowi, po D-Day 10 kwietnia.

    Znacznie wcześniej Nie pamietam czy To Ziemkiewicz zaczął Go zapraszac do TVPiS do Antysalonu czy ktos zrobił to wczesniej

    Hmm… może i racja.

  7. cyncynat
    23/05/2010 o 11:44 pm

    vHF :
    Fajnie ze ktos tez ten tekst wylowil, ja bylem lekko zszokowany jak go znalazlem.
    Felieton Warzechy mowi duzo o jego rozumieniu nauki, wiecej moze nawet niz jego climate-denialism. Otoz nauka jest—byc moze nawet z definicji—podejrzana. Naukowcy staraja sie stworzyc wrazenie ze zajmuja sie rzeczami poza zasiegiem umyslu przecietnego Warzechy, i w ten sposob uwolnic sie spod tego Warzechy oceny. A przeciez cala te nauke to sie da wziac na chlopski, Warzeszy rozum, i wtedy te wszystkie machinacje wychodza, vide tzw. ocieplenie klimatu, he he.
    Finansowanie nauki jest jeszcze bardziej szemrana sprawa. Skoro bowiem kwestie naukowe sie na prosty chlopski rozum daja wziac, to przeciez nie moze byc potrzeba wydawac na nauke takich kolosalnych pieniedzy. A skoro tak, to oni te pieniadze de facto kradna, i finansuja z nich te swoje PAN-y i inne instytuty. A skoro kradna, to sa ludzmi niemoralnymi i niegodnymi zaufania (patrz rowniez wyzej o manipulacjach), i w zwiazku z tym jesli Gazprom im placi, to znaczy ze ich przekupuje, tym bardziej ze Gazprom jako wcielenie Szatana ze wszystkich wyluszczonych tu kwestii doskonale zdaje sprawe.
    Idac dalej tym tropem nalezy podkreslic kolosalna niesprawiedliwosc tego stanu rzeczy: podczas gdy normalni ludzie musza ciezko pracowac na swoje pensje, meczyc sie z buspasami, itp., naukowcy kasuja ciezkie pieniadze za nic. Profesor na uniwersytecie dostaje pewnie jakies 6 tysiecy miesiecznie, i chociaz sam Warzecha dostaje wiecej (no bo w koncu o ile wazniejsza dla kraju robote odwala), to i tak jest to o wiele wiecej niz dostaje przyslowiowy zmianowy robotnik; a na dodatek Warzecha musi sie przed nimi w radiu plaszczyc i mowic “panie profesorze”, zamiast strzelic komuszego zloga w gebe.
    No a juz najbardziej deta sprawa jest ze stypendiami dla studentow. Warzecha na studiach byl—tak, tak!—i wie, tak jak wiedza wszyscy co tez byli, ze stypendia dostaja te lizusy, co to egzaminy zdaja bez uczenia sie i przekomarzaja sie z doktorami. Dobry student bieduje; dobry student uczy sie ciezko; dobry student cwiczeniowcow nie lubi; ergo, dobry student stypendiow nie dostaje: dostaja miastowe sprzedawczyki bez kregoslupa.
    Uff, ulzylo mi. Pozdrowienia dla wszystkich od agenta wplywu wielu roznych nacji.

    Ja tez ten tekst dostrzeglem, na Durdomie24 (bycie ruskim agentem zobowiazuje). Jest to jeden z bardziej smakowitych, ostatnio, tekstow. Az zajrzalem na fakt.pl. To byl dopiero szok. Jak mozna pracowac dla takiej prasy i nie czuc wstydu i zazenowanie is beyond me.

    Ale z climate-denialismem jeszcze raz wystapie jako adwokat diabla: po „drugiej” stronie dziala taka sama retoryka, gdy geologow zbywaja oskarzeniami, ze siedza na utrzymaniu branzy naftowej.

  8. 23/05/2010 o 11:45 pm

    VHF- oj chyba nie. Tu nie chodzi o to, że kradną. Chodzi o to, że każdy naukowiec to prostytutka.

  9. cyncynat
    23/05/2010 o 11:47 pm

    galopujący major :
    VHF- oj chyba nie. Tu nie chodzi o to, że kradną. Chodzi o to, że każdy naukowiec to prostytutka.

    To slowo – prostytutka – bardziej mi sie kojarzy z zawodem dziennikarza w fakt.pl. Ja wciaz nie moge sie pozbierac ze swojej wizyty na witrynie http://www.fakt.pl

  10. 23/05/2010 o 11:54 pm

    hamilton :

    właśnie odezwał się w s24 Ziemkiewicz, który, jak mówi Wikipedia (zresztą i sam Z się tym szczyci), zaciągnął zoboiwiązanie w pewnej amerykańskiej, mocno konserwatywnej fundacji.

    http://pl.wikipedia.org/wiki/Rafa%C5%82_A._Ziemkiewicz#Dziennikarstwo_i_publicystyka

    http://www.dentonfoundation.org/

    fajny kawałek o jednym z programów owej fundacji: “The ONE NATION UNDER GOD program organizes support for abolishing the false premise that there is a constitutionally erected “wall of separation between church and state.”

    Szpion trafiony-zatopiony.

  11. 23/05/2010 o 11:56 pm

    cyncynat :

    galopujący major :
    VHF- oj chyba nie. Tu nie chodzi o to, że kradną. Chodzi o to, że każdy naukowiec to prostytutka.

    To slowo – prostytutka – bardziej mi sie kojarzy z zawodem dziennikarza w fakt.pl. Ja wciaz nie moge sie pozbierac ze swojej wizyty na witrynie http://www.fakt.pl

    Ty masz złe skojarzenia. Otóż Warzecha uważa, że robi to samo co w Wyborczej, bo oni mają deser.pl. Ot prawicowa logika.

  12. vHF
    24/05/2010 o 12:07 am

    cyncynat :
    Ja tez ten tekst dostrzeglem, na Durdomie24 (bycie ruskim agentem zobowiazuje). Jest to jeden z bardziej smakowitych, ostatnio, tekstow. Az zajrzalem na fakt.pl. To byl dopiero szok. Jak mozna pracowac dla takiej prasy i nie czuc wstydu i zazenowanie is beyond me.
    Ale z climate-denialismem jeszcze raz wystapie jako adwokat diabla: po “drugiej” stronie dziala taka sama retoryka, gdy geologow zbywaja oskarzeniami, ze siedza na utrzymaniu branzy naftowej.

    Na klimacie sie nie znam, ale w zasadzie ufam naukowemu konsensusowi. Argumentacji zadnej ze stron nie sledze.

  13. vHF
    24/05/2010 o 12:08 am

    galopujący major :
    VHF- oj chyba nie. Tu nie chodzi o to, że kradną. Chodzi o to, że każdy naukowiec to prostytutka.

    Jaja sobie robisz? Przeciez kazda kurwa to zlodziej.

  14. 24/05/2010 o 12:14 am

    vHF :

    galopujący major :
    VHF- oj chyba nie. Tu nie chodzi o to, że kradną. Chodzi o to, że każdy naukowiec to prostytutka.

    Jaja sobie robisz? Przeciez kazda kurwa to zlodziej.

    Oj nie, wedle wolnorynkowo-prawicowej teorii, prostytutka zwiera chyba umowę? Tak jak naukowiec;)

  15. cyncynat
    24/05/2010 o 12:25 am

    vHF :

    cyncynat :
    Ja tez ten tekst dostrzeglem, na Durdomie24 (bycie ruskim agentem zobowiazuje). Jest to jeden z bardziej smakowitych, ostatnio, tekstow. Az zajrzalem na fakt.pl. To byl dopiero szok. Jak mozna pracowac dla takiej prasy i nie czuc wstydu i zazenowanie is beyond me.
    Ale z climate-denialismem jeszcze raz wystapie jako adwokat diabla: po “drugiej” stronie dziala taka sama retoryka, gdy geologow zbywaja oskarzeniami, ze siedza na utrzymaniu branzy naftowej.

    Na klimacie sie nie znam, ale w zasadzie ufam naukowemu konsensusowi. Argumentacji zadnej ze stron nie sledze.

    To skad wiesz, ze istnieje „naukowy konsensus” i jaki ten konsensus ma granice? Czy ten konsensus dotyczy opinii, ze klimat sie ociepla (to rzeczywiscie malo kto zaprzecza)? Czy moze ten konsensus dotyczy tez innych twierdzen: ze ostatnia dekada byla najcieplejsza, ze glowna przyczyna ocieplenia sa dzialania ludzi itd?

  16. Quasi
    24/05/2010 o 12:28 am

    @ cyncynat

    Ale z climate-denialismem jeszcze raz wystapie jako adwokat diabla: po “drugiej” stronie dziala taka sama retoryka, gdy geologow zbywaja oskarzeniami, ze siedza na utrzymaniu branzy naftowej.

    Nie spotkałem się jeszcze z takim zbywaniem, może dlatego, że w Polsce w mediach argumentacji anty-denialistycznej raczej nie uświadczysz. No i denialiści czasami ponoć faktycznie bywają finansowani przez nafciarzy [w tym kontekście cytuje się np. to i to].

  17. Quasi
    24/05/2010 o 12:35 am

    @ cyncynat

    To skad wiesz, ze istnieje “naukowy konsensus” i jaki ten konsensus ma granice? Czy ten konsensus dotyczy opinii, ze klimat sie ociepla (to rzeczywiscie malo kto zaprzecza)? Czy moze ten konsensus dotyczy tez innych twierdzen: ze ostatnia dekada byla najcieplejsza, ze glowna przyczyna ocieplenia sa dzialania ludzi itd?

    Patrz:

    – P. T. Doran i M. K Zimmerman, “Examining the scientific consensus on climate change,” Eos Trans. AGU 90 (2009): 21–22.

    http://en.wikipedia.org/wiki/Climate_change_consensus

    http://en.wikipedia.org/wiki/Scientific_opinion_on_climate_change

  18. vHF
    24/05/2010 o 12:35 am

    cyncynat :
    To skad wiesz, ze istnieje “naukowy konsensus” i jaki ten konsensus ma granice? Czy ten konsensus dotyczy opinii, ze klimat sie ociepla (to rzeczywiscie malo kto zaprzecza)? Czy moze ten konsensus dotyczy tez innych twierdzen: ze ostatnia dekada byla najcieplejsza, ze glowna przyczyna ocieplenia sa dzialania ludzi itd?

    Wiem, ze konsensus istnieje, bo wiem skadinad ze od nastu lat do powaznej prasy naukowej nie przyjeto artykulu podwazajacego fakt ocieplenia (o ten konsensus w zasadzie mi chyba chodzilo).

    Od razu Ci tez powiem ze nie mam specjalnie ochoty dyskutowac na temat konsensusu, nauki, winy i kary w kontekscie klimatu—ani tym bardziej o samym klimacie—bo sie na tym nie znam. Rozmawialismy kiedys o peer-review i pokrewnych problemach, i bardzo chetnie do tego tematu wroce, ale nie w kontekscie klimatu. Moze na przykladzie ewolucji? The floor is yours.

  19. cyncynat
    24/05/2010 o 1:24 am

    vHF :

    cyncynat :
    To skad wiesz, ze istnieje “naukowy konsensus” i jaki ten konsensus ma granice? Czy ten konsensus dotyczy opinii, ze klimat sie ociepla (to rzeczywiscie malo kto zaprzecza)? Czy moze ten konsensus dotyczy tez innych twierdzen: ze ostatnia dekada byla najcieplejsza, ze glowna przyczyna ocieplenia sa dzialania ludzi itd?

    Wiem, ze konsensus istnieje, bo wiem skadinad ze od nastu lat do powaznej prasy naukowej nie przyjeto artykulu podwazajacego fakt ocieplenia (o ten konsensus w zasadzie mi chyba chodzilo).
    Od razu Ci tez powiem ze nie mam specjalnie ochoty dyskutowac na temat konsensusu, nauki, winy i kary w kontekscie klimatu—ani tym bardziej o samym klimacie—bo sie na tym nie znam. Rozmawialismy kiedys o peer-review i pokrewnych problemach, i bardzo chetnie do tego tematu wroce, ale nie w kontekscie klimatu. Moze na przykladzie ewolucji? The floor is yours.

    No ja sie zainteresowalem problemami z peer-review w kontekscie klimatologii i tego jak sie sprawdza to co klimatolodzy produkuja. Pisales kiedys o sprawdzaniu supporting information i bylo to IMO bardzo sensowne. Z tym, ze ja do tej pory nie znalazlem kto i jak sprawdzal supporting information klimatologow. To co ja znalazlem raczej nie bylo optymistyczne:
    *Tzw Wegman report byl bardzo krytyczny wzgledem klimatologow (http://en.wikipedia.org/wiki/Hockey_stick_controversy)
    * Raport Science Assessment Panel z 14 Kwietnia 2010 zawieral: „[it was] very surprising that research in an area that depends so heavily on statistical methods has not been carried out in close collaboration with professional statisticians.”

    Czyli statystyke i „informatyke” klimatologow nikt na powaznie raczej nie sprawdzal? Jesli sie myle, to bede wdzieczny jesli mi ktos pokaze jak to bylo sprawdzane. Nie zrozum tego tak, ze od Ciebie czegos oczekuje, raczej tlumacze sie z moich watpliwosci co do wartosci naukowej pewnych artyfaktow.

    Jesli chodzi o ewolucje (i statystyke), to tak sie sklada ze tez mam pytanie. Czytales moze http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/nature09014.html ? Jesli czytales i masz opinie, to zadalbym pare pytan.

  20. cyncynat
    24/05/2010 o 1:25 am

    Quasi :
    @ cyncynat

    To skad wiesz, ze istnieje “naukowy konsensus” i jaki ten konsensus ma granice? Czy ten konsensus dotyczy opinii, ze klimat sie ociepla (to rzeczywiscie malo kto zaprzecza)? Czy moze ten konsensus dotyczy tez innych twierdzen: ze ostatnia dekada byla najcieplejsza, ze glowna przyczyna ocieplenia sa dzialania ludzi itd?

    Patrz:
    – P. T. Doran i M. K Zimmerman, “Examining the scientific consensus on climate change,” Eos Trans. AGU 90 (2009): 21–22.
    http://en.wikipedia.org/wiki/Climate_change_consensus
    http://en.wikipedia.org/wiki/Scientific_opinion_on_climate_change

    Dzieki.

  21. cyncynat
    24/05/2010 o 1:33 am

    errata: artEfaktow

  22. vHF
    24/05/2010 o 1:38 am

    cyncynat :
    Czyli statystyke i “informatyke” klimatologow nikt na powaznie raczej nie sprawdzal? Jesli sie myle, to bede wdzieczny jesli mi ktos pokaze jak to bylo sprawdzane. Nie zrozum tego tak, ze od Ciebie czegos oczekuje, raczej tlumacze sie z moich watpliwosci co do wartosci naukowej pewnych artyfaktow.

    Zrozumialem, nie jestem w stanie pomoc.

    Czytales moze http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/nature09014.html ? Jesli czytales i masz opinie, to zadalbym pare pytan.

    Czytalem tylko abstrakt.
    Czy musze przeczytac i miec opinie znim zadasz pytania? Jesli tak, to poczytam sobie jutro do lunchu. Jesli nie, to wal od razu.

  23. Quasi
    24/05/2010 o 2:35 am

    @ cyncynat

    Odnośnie kontrowersji związanych z wyciekłymi mailami CRU, to patrz tutaj, tutaj i tutaj. I jakby co, pytania zadawaj autorowi blogu. Choć pewnie ten blog jest już Ci znany.

    A odnośnie tego:

    Jesli chodzi o ewolucje (i statystyke), to tak sie sklada ze tez mam pytanie. Czytales moze http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/nature09014.html ? Jesli czytales i masz opinie, to zadalbym pare pytan.

    Prawdę mówiąc ja też jeszcze nie czytałem tego artykułu – jedynie trochę czytałem o nim.

    W każdym razie, żeby załapać o co w nim chodzi chyba wypada najpierw zacząć:

    # Od jakiegoś wstępu do filogenetyki molekularnej, zwłaszcza do metod statystycznych (tj. maximum likelihood i metody bayesowskie) – chyba, że się w tym orientujesz. Jeśli nie, to na początek może być to:

    Nicholas H. Barton et al., Evolution, 1. wyd. (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007).
    – Rozdział 5: „The Last Universal Common Ancestor and the Tree of Life” [niestety, nie jest dostępny on-line, ale przynajmniej część powinno się dać wyciągnąć stąd].
    – Rozdział 27: „Phylogenetic Reconstruction” [dostępny on-line tutaj] – w rozważanym kontekście kluczowa będzie sekcja „Likelihood and Bayesian Approaches Have a Sounder Statistical
    Foundation Than the Other Methods”.

    # Od tego popularnego artykułu tego samego autora, co artykuł przez Ciebie podlinkowany:

    Theobald, Douglas L. „29+ Evidences for Macroevolution: The Scientific Case for Common Descent.” The Talk.Origins Archive. Version 2.87 . 2007. June 19, 2007.
    – Rozdział: „Phylogenetics introduction
    – Rozdział: „Part 1: The Unique Universal Phylogenetic Tree / Prediction 1.3: Consilience of independent phylogenies

    # Od tych filozofio-naukowych rozważań na temat Frequentismu, Bayesianismu i Likelihoodismu:

    Elliott Sober, Evidence and Evolution: The Logic Behind the Science (Cambridge University Press, 2008).
    – Rozdział: 1 Evidence [tej księgi chyba nie ma w całości (legalnie) on-line, ale przynajmniej część można zobaczyć tutaj]
    Niestety, tego jeszcze do końca nie przeczytałem.

  24. vHF
    24/05/2010 o 3:04 am

    Quasi, cytujesz „Evolution” Bartona et. al. Jakie jest Twoje zdanie nt. tej ksiazki? Wstyd przyznac, ale nie mam zadnego porzadnego zrodla calosciowego do ewolucji, gdzie moglbym zajrzec jak mam watpliwosci.

    Poza tym, czy znasz to: http://www.uky.edu/~cfox/EvolutionaryGenetics/Index.htm ?
    Kupilem kilka dni temu, nie zaczalem jeszcze czytac.

  25. Quasi
    24/05/2010 o 3:57 am

    @ vHF

    Quasi, cytujesz “Evolution” Bartona et. al. Jakie jest Twoje zdanie nt. tej ksiazki?

    Uważam – choć przeczytałem w całości tylko kilka rozdziałów – że jako elementarny podręcznik jest to książka dobra (lepsza niż ta Futuymy).
    Wadą – choć to pewnie kwestia subiektywnej oceny – tej książki jest to, że z 1/3 jej treści wywalono na jej stronę internetową, tj. wszystkie przypisy, większość bibliografii, wszystkie zadania rachunkowe (i odpowiedzi do nich) oraz dwa ostatnie rozdziały (tj. ten o filogenetyce i o modelowaniu matematycznym). W efekcie zanim przystąpię do czytania jakiegoś rozdziału, to sobie najpierw drukuję jego on-linowe zaplecze – nie jest to wcale wygodne.

    Poza tym, czy znasz to: http://www.uky.edu/~cfox/EvolutionaryGenetics/Index.htm ?

    Nie znam. Jednak jakiś czas temu zajumałem (torrentami) sobie starszą księgę (śp. JM-S), która treściowo chyba z nią dość mocno się pokrywa:
    John Maynard Smith, Evolutionary Genetics, 2. wyd. (Oxford University Press, USA, 1998).

    Kupiłem też bardziej hardcorowe dzieło, ale jeszcze nie dojrzałem matematycznie do jego wnikliwszego czytania:
    Sean H. Rice, Evolutionary Theory, 1. wyd. (Sinauer Associates, Inc., 2004).
    Ale Ciebie powinno zainteresować.

    Poza tym do kolekcji zajumałem sobie jeszcze te dwie, które także potencjalnie mogą Cię zainteresować:

    – John Avery, Information Theory and Evolution (World Scientific Publishing Company, 2003).

    – Hubert P. Yockey, Information Theory, Evolution, and The Origin of Life (Cambridge University Press, 2005).

  26. cyncynat
    24/05/2010 o 4:46 am

    vHF :

    cyncynat :
    Czyli statystyke i “informatyke” klimatologow nikt na powaznie raczej nie sprawdzal? Jesli sie myle, to bede wdzieczny jesli mi ktos pokaze jak to bylo sprawdzane. Nie zrozum tego tak, ze od Ciebie czegos oczekuje, raczej tlumacze sie z moich watpliwosci co do wartosci naukowej pewnych artyfaktow.

    Zrozumialem, nie jestem w stanie pomoc.

    Czytales moze http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/nature09014.html ? Jesli czytales i masz opinie, to zadalbym pare pytan.

    Czytalem tylko abstrakt.
    Czy musze przeczytac i miec opinie znim zadasz pytania? Jesli tak, to poczytam sobie jutro do lunchu. Jesli nie, to wal od razu.

    Nie wiem czy musisz to czytac czy nie.

    Najpierw bardzo ogolne streszczenie artykulu (zeby mnie ktos mogl natychmiast poprawic, jesli czegos nie zrozumialem):

    Autor formuluje spora liczbe roznych modeli (w tym momencie jest mnostwo technikaliow, ktorych nie rozumiem, nie znalazlem tez samych modeli ani w methods, ani w supporting details), jeden z tych modeli wg autora odpowiada teorii UCA, pozostale odpowiadaja roznym wariantom non-UCA.
    Nastepnie autor oblicza rozne model selection criterions i mu wychodzi, ze te criterions dla modelu UCA sa ‚lepsze’ niz te dla pozostalych modeli. Wyciaga z tego wniosek: „Therefore, UCA is at least 10^2860
    times more probable than the closest competing hypothesis.”

    A teraz pytania.
    1) Czy dobrze rozumiem, ze nie zostalo nigdzie pokazane generalne nieistnienie modelow non-UCA, takich, dla ktorych te wybrane criterions bylyby lepsze?
    2) Twierdzenia o 10^X razy wiekszym prawdopodobienstwie nie potrafie nawet precyzyjnie zinterpretowac, bo cala matematyka nie jest ani w artykule, ani w supporting details. Ale zalozmy, ze autor nigdzie sie nie walnal. Wobec tego on pokazal, ze w pewnej probabilistycznej przestrzeni jeden z jego wybranych modeli (UCA) jest bardziej prawdopodobny od innych wybranych przez niego modeli. Zgadza sie?
    3) W abstrakcie stoi „These results provide powerful statistical evidence corroborating the monophyly of all known life.” Ja chyba nie rozumiem co oznacza „powerful statistical evidence”. Nie zostalo przeciez pokazane ze model UCA jest najbardziej prawdopodobny z mozliwych. Nie wspominajac juz o tym, ze ewolucja zdarzyla sie jeden raz, a wyciaganie wnioskow o pojedynczym zdarzeniu na podstawie dosc arbitralnych statystycznych obliczen to taka .. magia.

    (A cos co mnie irytuje czasami w takich artykulow jest nieobecnosc matematyki. Moze owa matma jest obecna w referowanych/cytowanych artykulach/ksiazkach, ale w samym artykule jej nie ma. Podam przyklad na artykul bez takich problemow: http://www.cs.auckland.ac.nz/~cristian/haltingAAM.pdf
    Tam jest przedstawiony probabilistyczny dowod na to, ze wiekszosc programow albo sie zatrzymuje ‚szybko’, albo wcale. Cala matematyka jest w artykule i do sprawdzenia. Procz tego artykul jest caly czas w sferze matematycznych abstrakcji, wiec nie ma filozoficznych problemow z interpretacja probabilistyki i nie ma argumentum ad machanie rekoma o ‚powerful statistical evidence’. )

  27. cyncynat
    24/05/2010 o 5:07 am

    Quasi :
    @ vHF

    Quasi, cytujesz “Evolution” Bartona et. al. Jakie jest Twoje zdanie nt. tej ksiazki?

    Uważam – choć przeczytałem w całości tylko kilka rozdziałów – że jako elementarny podręcznik jest to książka dobra (lepsza niż ta Futuymy).
    Wadą – choć to pewnie kwestia subiektywnej oceny – tej książki jest to, że z 1/3 jej treści wywalono na jej stronę internetową, tj. wszystkie przypisy, większość bibliografii, wszystkie zadania rachunkowe (i odpowiedzi do nich) oraz dwa ostatnie rozdziały (tj. ten o filogenetyce i o modelowaniu matematycznym). W efekcie zanim przystąpię do czytania jakiegoś rozdziału, to sobie najpierw drukuję jego on-linowe zaplecze – nie jest to wcale wygodne.

    Poza tym, czy znasz to: http://www.uky.edu/~cfox/EvolutionaryGenetics/Index.htm ?

    Nie znam. Jednak jakiś czas temu zajumałem (torrentami) sobie starszą księgę (śp. JM-S), która treściowo chyba z nią dość mocno się pokrywa:
    John Maynard Smith, Evolutionary Genetics, 2. wyd. (Oxford University Press, USA, 1998).
    Kupiłem też bardziej hardcorowe dzieło, ale jeszcze nie dojrzałem matematycznie do jego wnikliwszego czytania:
    Sean H. Rice, Evolutionary Theory, 1. wyd. (Sinauer Associates, Inc., 2004).
    Ale Ciebie powinno zainteresować.
    Poza tym do kolekcji zajumałem sobie jeszcze te dwie, które także potencjalnie mogą Cię zainteresować:
    – John Avery, Information Theory and Evolution (World Scientific Publishing Company, 2003).
    – Hubert P. Yockey, Information Theory, Evolution, and The Origin of Life (Cambridge University Press, 2005).

    Quasi :
    @ cyncynat
    Odnośnie kontrowersji związanych z wyciekłymi mailami CRU, to patrz tutaj, tutaj i tutaj. I jakby co, pytania zadawaj autorowi blogu. Choć pewnie ten blog jest już Ci znany.
    A odnośnie tego:

    Jesli chodzi o ewolucje (i statystyke), to tak sie sklada ze tez mam pytanie. Czytales moze http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/nature09014.html ? Jesli czytales i masz opinie, to zadalbym pare pytan.

    Prawdę mówiąc ja też jeszcze nie czytałem tego artykułu – jedynie trochę czytałem o nim.
    W każdym razie, żeby załapać o co w nim chodzi chyba wypada najpierw zacząć:
    # Od jakiegoś wstępu do filogenetyki molekularnej, zwłaszcza do metod statystycznych (tj. maximum likelihood i metody bayesowskie) – chyba, że się w tym orientujesz. Jeśli nie, to na początek może być to:
    Nicholas H. Barton et al., Evolution, 1. wyd. (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007).
    – Rozdział 5: “The Last Universal Common Ancestor and the Tree of Life” [niestety, nie jest dostępny on-line, ale przynajmniej część powinno się dać wyciągnąć stąd].
    – Rozdział 27: “Phylogenetic Reconstruction” [dostępny on-line tutaj] – w rozważanym kontekście kluczowa będzie sekcja “Likelihood and Bayesian Approaches Have a Sounder Statistical
    Foundation Than the Other Methods”.
    # Od tego popularnego artykułu tego samego autora, co artykuł przez Ciebie podlinkowany:
    Theobald, Douglas L. “29+ Evidences for Macroevolution: The Scientific Case for Common Descent.” The Talk.Origins Archive. Version 2.87 . 2007. June 19, 2007.
    – Rozdział: “Phylogenetics introduction
    – Rozdział: “Part 1: The Unique Universal Phylogenetic Tree / Prediction 1.3: Consilience of independent phylogenies
    # Od tych filozofio-naukowych rozważań na temat Frequentismu, Bayesianismu i Likelihoodismu:
    Elliott Sober, Evidence and Evolution: The Logic Behind the Science (Cambridge University Press, 2008).
    – Rozdział: 1 Evidence [tej księgi chyba nie ma w całości (legalnie) on-line, ale przynajmniej część można zobaczyć tutaj]
    Niestety, tego jeszcze do końca nie przeczytałem.

    Dzieki, postaram sie do niektorych z tych publikacji zajrzec, choc sama biologia mnie mniej interesuje (wlasciwie nie interesuje) niz zastosowania probabilistyki/informatyki w niej. Swoja droga, ja, przyznam, nie wiem jak sie maja zastosowania „Frequentismu, Bayesismu i Likelihoodismu” w przypadku scientific evidence. Czy linia podzialu jest taka sama, jak w przypadku kwestii interpretacji probabilistyki? W sensie frequentisci vs bayesowcy? Ja, osobiscie, uwazam ze i bayesism i frequentism to slepe sciezki: bayesism zaklada zupelna subiektywnosc, a frequentism – nieskonczone sekwencje zdarzen. Mam nadzeje, ze statystyka zostanie kiedys wyleczona i z bayesismu i z frequentismu.

  28. Quasi
    24/05/2010 o 6:08 am

    @ cyncynat

    Nie wiem czy musisz to czytac czy nie.

    No teraz bardzo pośpiesznie przejrzałem ten artykuł, ale bez SI i wnikania w metodologię. O filogenetyce molekularnej mam póki co wiedzę i doświadczenie zaledwie elementarne, więc to i tak dużo by mi nie dało. Może vHF lub mtwapa orientują się lepiej.

    Ale zobaczmy:

    Autor formuluje spora liczbe roznych modeli (w tym momencie jest mnostwo technikaliow, ktorych nie rozumiem, nie znalazlem tez samych modeli ani w methods, ani w supporting details), jeden z tych modeli wg autora odpowiada teorii UCA, pozostale odpowiadaja roznym wariantom non-UCA.

    Zdaje się, że nie. Autor generuje kilka różnych „modeli” w sensie układów drzew [tj. UCA czyli ABE oraz non-UCA czyli AB+E, AE+B, A+B+E, (ABE-Homo_sapiens)+Homo_sapiens etc.], ale model ich ewolucji przyjmuje taki sam, standardowy. Znaczy, zdaje się, ze liczył to dla różnych standardowych modeli ewolucji i nawet rozważał, że w przypadku non-UCA w poszczególnych drzewach ewolucja zachodziła wg różnych modeli, ale to nie modele ewolucji (tj. substytucji w sekwencjach DNA/białek) były tym, co on tam porównywał, lecz poszczególne układy drzew (tj. ABE, AB+E, A+B+E etc.) pod warunkiem modelu ewolucji. Jakie modele ewolucji użył przy analizowaniu poszczególnych układów drzew podał w Table 1 w rubryce „ML evolutionary model”.

    1) Czy dobrze rozumiem, ze nie zostalo nigdzie pokazane generalne nieistnienie modelow non-UCA, takich, dla ktorych te wybrane criterions bylyby lepsze?

    Chyba dobrze rozumiesz. On tam wybrał po 4 gatunki z każdej z 3 domen (A, B i E) i zmontował z nich kilka wybranych układów drzew. UCA było drzewem najlepszym z tych kilku porównanych.
    No i jeszcze dla porównania wygenerował kilka fikcyjnych zestawów danych do generowania drzew przez losowe przemieszanie kolumn w użytych alignmentach sekwencji – wtedy zawsze wychodziło, że najlepsze są non-UCA.

    Ale to chyba nie ujmuje w niczym jego konkluzji. Wyjaśnia tam skąd się brał spadek scoru dla non-UCA – z tego wynika, że gdyby próbował generować jeszcze inne układy drzew przez rozbijanie drzew poszczególnych domen [choć i takie przykłady demonstrował, np. w jednym z układów drzew z domeny E wyłączył Zwierzęta (Metazoa) i uczynił z nich oddzielne drzewo – tak jakby Zwierzęta powstały niezależnie; w innym przykładzie z domeny E wyłączył Człowieka – tak jakby Człowiek powstał niezależnie] to takie układy uzyskiwałyby jeszcze gorsze scory.
    Pisze:
    What property of the sequence data supports common ancestry so
    decisively? When two related taxa are separated into two trees, the
    strong correlations that exist between the sequences are no longer
    modelled, which results in a large decrease in the likelihood. Consequently,
    when comparing a common-ancestry model to a multipleancestry
    model, the large test scores are a direct measure of the increase
    in our ability to accurately predict the sequence of a genealogically
    related protein relative to an unrelated protein. The sequence correlations
    between a given clade of taxa and the rest of the tree would be
    eliminated if the columns in the sequence alignment for that clade were
    randomly shuffled. In such a case, these model-based selection tests
    should prefer the multiple-ancestry model. In fact, in actual tests with
    randomly shuffled data, the optimal estimate of the unified tree (for
    both maximum likelihood and Bayesian analyses) contains an extremely
    large internal branch separating the shuffled taxa fromthe rest. In
    all cases tried, with a wide variety of evolutionary models (from the
    simplest to the most parameter rich), the multiple-ancestry models for
    shuffled data sets are preferred by a largemargin over common ancestry
    models (LLR on the order of a thousand), even with the large internal
    branches. Hence, the large test scores in favour of UCA models reflect
    the immense power of a tree structure, coupled with a gradual
    Markovian mechanism of residue substitution, to accurately and precisely
    explain the particular patterns of sequence correlations found
    among genealogically related biological macromolecules.

    Twierdzenia o 10^X razy wiekszym prawdopodobienstwie nie potrafie nawet precyzyjnie zinterpretowac, bo cala matematyka nie jest ani w artykule, ani w supporting details. (…)

    Tu chyba chodzi o porównanie prawdopodobieństw poszczególnych układów drzew – prawdopodobieństwo UCA jest 10^X razy większe, niż prawdopodobieństwo drugiego w kolejności najbardziej prawdopodobnego układu drzew. Wartości tych prawdopodobieństw wypluwa program MrBayes, Paup, czy czego on tam używał – cała matematyka jest choćby w opisie tego programu czy metody analizy filogenetycznej, której użył w programie.

    W abstrakcie stoi “These results provide powerful statistical evidence corroborating the monophyly of all known life.” Ja chyba nie rozumiem co oznacza “powerful statistical evidence”. (…)

    No chyba m.in. to „at least 10^2860 times more probable”. No i te LLE, AIC, LBF, które nie bardzo wiem czym są, bo jeszcze tego wspomnianego Sobera nie doczytałem do momentu, w którym to jest wyjaśnione.
    Zdaje się, że Bayesaniści tak chcą oceniać wartość hipotezy naukowej: najlepsza jest ta, która ze wszystkich porównywanych z największym prawdopodobieństwem wyjaśnia dane.

    (…) Moze owa matma jest obecna w referowanych/cytowanych artykulach/ksiazkach (…)

    Jest. On tu używał standardowych metod/programów, a nie wymyślał coś nowego – po cóż miałby je tu szczegółowo omawiać?

  29. Quasi
    24/05/2010 o 6:16 am

    Errata

    Jeden link coś nawala – tu powinien działać:
    http://en.wikipedia.org/wiki/Substitution_model

  30. Chevalier
    24/05/2010 o 6:38 am

    Warzecha na Kongresie Republikańskim („republikanizm” to u nas GazPol, Terlikowski, Warzecha i podobni) powiedział:
    „dobrze, że monopol Wyborczej na niszczenie ludzi się skończył”
    Dobrze, że już nie tylko Wyborcza może niszczyć ludzi, może to robić Fakt, albo moralnie odnowiona Rzepa lub odzyskane (po raz drugi odzyskane, po zawarciu koalicji z Czarzastym i Kwiatkowskim) media publiczne? Nie wiem, czy to miał na myśli pan redaktor, czy też po prostu niefortunnie się wysłowił.

    Warzecha jest nie tyle PiSowcem, co reprezentantem neokonów dziennikarskich, w wersji pop, czy wręcz w wersji porno.

  31. Quasi
    24/05/2010 o 6:47 am

    @ cyncynat

    (…) Swoja droga, ja, przyznam, nie wiem jak sie maja zastosowania “Frequentismu, Bayesismu i Likelihoodismu” w przypadku scientific evidence. (…)

    To moja wina: to jedyna książka jaką znam/dysponuję, która odwołuje się do pewnych pojęć, które autor w tym artykule używa, np. „Akaike information criterion”, dlatego ją wskazałem. Zapewne są jakieś lepsze, ale ja zwyczajnie się na tym nie znam, więc nie wiem. Poza tym odniosłem wrażenie, choć – jak już mówiłem – pojęcie mam o tym mgliste, że cały artykuł jest w duchu bayesiańskim i krytycznym wobec frequentismu [Because model selection tests directly quantify the evidence for and against competing models, these tests overcome many of the wellknown logical problems with Fisherian null-hypothesis significance tests (such as BLAST-style E values)], więc filozofowanie Sobera wydało mi się na miejscu.
    Ale najwyraźniej Ty się znasz na tym nieporównywalnie lepiej ode mnie i nie potrzebujesz w tej dziedzinie elementarnego przeszkolenia, więc ten akurat skrawek rzuciłem pod niewłaściwym adresem…

    Theobald obficie cytuje za to tę księgę:
    Kenneth P. Burnham i David Raymond Anderson, Model Selection and Inference: A Practical Information-Theoretic Approach (Springer-Verlag Telos, 1998).
    Tak więc najwyraźniej to ona powinna być elementarzem do zrozumienia niuansów jego publikacji.

  32. cyncynat
    24/05/2010 o 6:55 am

    Quasi :
    @ cyncynat

    Nie wiem czy musisz to czytac czy nie.

    No teraz bardzo pośpiesznie przejrzałem ten artykuł, ale bez SI i wnikania w metodologię. O filogenetyce molekularnej mam póki co wiedzę i doświadczenie zaledwie elementarne, więc to i tak dużo by mi nie dało. Może vHF lub mtwapa orientują się lepiej.
    Ale zobaczmy:

    Autor formuluje spora liczbe roznych modeli (w tym momencie jest mnostwo technikaliow, ktorych nie rozumiem, nie znalazlem tez samych modeli ani w methods, ani w supporting details), jeden z tych modeli wg autora odpowiada teorii UCA, pozostale odpowiadaja roznym wariantom non-UCA.

    Zdaje się, że nie. Autor generuje kilka różnych “modeli” w sensie układów drzew [tj. UCA czyli ABE oraz non-UCA czyli AB+E, AE+B, A+B+E, (ABE-Homo_sapiens)+Homo_sapiens etc.], ale model ich ewolucji przyjmuje taki sam, standardowy. Znaczy, zdaje się, ze liczył to dla różnych standardowych modeli ewolucji i nawet rozważał, że w przypadku non-UCA w poszczególnych drzewach ewolucja zachodziła wg różnych modeli, ale to nie modele ewolucji (tj. substytucji w sekwencjach DNA/białek) były tym, co on tam porównywał, lecz poszczególne układy drzew (tj. ABE, AB+E, A+B+E etc.) pod warunkiem modelu ewolucji. Jakie modele ewolucji użył przy analizowaniu poszczególnych układów drzew podał w Table 1 w rubryce “ML evolutionary model”.

    Sorry, ale to nie ja wymyslilem to slownictwo. On swoje te drzewa nazywa modelami (i stosuje narzedzia model selection), nie ja. Nie ma zreszta w tym niczego zlego.

    1) Czy dobrze rozumiem, ze nie zostalo nigdzie pokazane generalne nieistnienie modelow non-UCA, takich, dla ktorych te wybrane criterions bylyby lepsze?

    Chyba dobrze rozumiesz. On tam wybrał po 4 gatunki z każdej z 3 domen (A, B i E) i zmontował z nich kilka wybranych układów drzew. UCA było drzewem najlepszym z tych kilku porównanych.
    No i jeszcze dla porównania wygenerował kilka fikcyjnych zestawów danych do generowania drzew przez losowe przemieszanie kolumn w użytych alignmentach sekwencji – wtedy zawsze wychodziło, że najlepsze są non-UCA.
    Ale to chyba nie ujmuje w niczym jego konkluzji.

    Ujmuje imho generalnosc, ale klocic sie nie bede.

    W abstrakcie stoi “These results provide powerful statistical evidence corroborating the monophyly of all known life.” Ja chyba nie rozumiem co oznacza “powerful statistical evidence”. (…)

    No chyba m.in. to “at least 10^2860 times more probable”. No i te LLE, AIC, LBF, które nie bardzo wiem czym są, bo jeszcze tego wspomnianego Sobera nie doczytałem do momentu, w którym to jest wyjaśnione.
    Zdaje się, że Bayesaniści tak chcą oceniać wartość hipotezy naukowej: najlepsza jest ta, która ze wszystkich porównywanych z największym prawdopodobieństwem wyjaśnia dane.

    And this constitutes for „powerful statistical evidence”? Mam nadzieje, ze kiedys tych Bayesanistow(Bayesowcow?) wywala tam gdzie sa psychoanaliza, dialektyka i inne takie.
    Podam przyklad. Jest takie pojecie jak uniwersalne algorytmiczne prawdopodobienstwo. To cos to rozklad prawdopodobienstwa liczb naturalnych wypluwanych przez losowe programy – ocenia prawdopodobienstwo liczby X jako wyniku programu, ktory zostal wklepany przez malpe. Jest generalnie nieobliczalne, ale w pewnym uproszczeniu mozna powiedziec, ze liczba 3 jest bardziej prawdopodobna niz liczba 136959999251763. Ale ten wynik nie stanowi „powerful statistical evidence” ze konkretny program wyprodukuje liczbe 3.

  33. cyncynat
    24/05/2010 o 7:10 am

    Quasi :
    @ cyncynat

    (…) Swoja droga, ja, przyznam, nie wiem jak sie maja zastosowania “Frequentismu, Bayesismu i Likelihoodismu” w przypadku scientific evidence. (…)

    To moja wina: to jedyna książka jaką znam/dysponuję, która odwołuje się do pewnych pojęć, które autor w tym artykule używa, np. “Akaike information criterion”, dlatego ją wskazałem. Zapewne są jakieś lepsze, ale ja zwyczajnie się na tym nie znam, więc nie wiem. Poza tym odniosłem wrażenie, choć – jak już mówiłem – pojęcie mam o tym mgliste, że cały artykuł jest w duchu bayesiańskim i krytycznym wobec frequentismu [Because model selection tests directly quantify the evidence for and against competing models, these tests overcome many of the wellknown logical problems with Fisherian null-hypothesis significance tests (such as BLAST-style E values)], więc filozofowanie Sobera wydało mi się na miejscu.
    Ale najwyraźniej Ty się znasz na tym nieporównywalnie lepiej ode mnie i nie potrzebujesz w tej dziedzinie elementarnego przeszkolenia, więc ten akurat skrawek rzuciłem pod niewłaściwym adresem…
    Theobald obficie cytuje za to tę księgę:
    Kenneth P. Burnham i David Raymond Anderson, Model Selection and Inference: A Practical Information-Theoretic Approach (Springer-Verlag Telos, 1998).
    Tak więc najwyraźniej to ona powinna być elementarzem do zrozumienia niuansów jego publikacji.

    No frequentista to on rzeczywiscie byc nie moze, bo frequntistowskie ujecie jego wyniku byloby takie: gdybysmy mieli nieskonczona liczbe wszechswiatow, to w owych wszechswiatach czesciej by zachodzilo UCA niz niektore non-UCA. W takim ujeciu bardzo wyraznie widac, ze wynik niewiele mowi o naszym konkretnym wszechswiecie.

  34. Zygfryd
    24/05/2010 o 11:15 am

    Nie mogę z podziwu wyjść dla red. Warzechy:
    a. Pracuje w „polskojęzycznych mediach”, o których prawda, że siedzą w wiadomych kieszeniach określonych kół i sił jest powszechnie znana patriotom „Polski Prawej”
    b.Chce uchodzić za przenikliwego analityka i niezależnego inteligenta, który strofuje „Wyborczą”, jednocześnie żarliwie broniąc intelektualnego dorobku macierzystej gazety… Dorobku – co by nie mówić znacznego – od znalezionego w Wiśle wieloryba, aż po pasjonujące dodatki na stronie ostatniej..

    Te dwa elementy niezbicie dowodzą, iż w przeciwieństwie do ruskich agentów wpływu, Pan Redaktor Warzecha, w życiowych wyborach swoich pryncypałów, zawsze kierował się profesjonalizmem, intelektulną niezależnością, nonkonformizmem i przynależnością do kapitału gwarantującego pełne zachowanie tradycyjnych, ojczystych imponderabiliów…

    Pozdrawiam

  35. cyncynat
    24/05/2010 o 11:16 am

    Quasi :

    – Hubert P. Yockey, Information Theory, Evolution, and The Origin of Life (Cambridge University Press, 2005).

    Wlasnie przejrzalem. Ksiazka jest napisana zywym jezykiem, ale Bozia Droga, jak ten facet miesza w kwestiach informatyczno-matematycznych. Caly chapter „Randomness, complexity, the unknowable, and the impossible” jest jednym ciagiem brawurowych uproszczen, nieporozumien i zadziwiajacych komplikacji („In other parts of the olive groves of academe, Kolmogorov (1958, 1965) and Chaitin (1966, 1979, 1999) have called complexity the Shannon entropy of the shortest algorithm needed to compute the sequence.”, OMG, jak to mozna bylo tak pokrecic!).
    Mnostwo tych nieporozumien chyba wynika z tego, ze autor z jakichs dziwnych powodow ukrywa fundamentalne roznicy miedzy skonczonymi a nieskonczonymi sekwencjami, i pisze na przemian to o jednych to o drugich.
    A czasem popelnia juz zupelnie szkolne bledy (chyba w feworze retorycznym, ale jednak): „For that reason, it is irresponsible for a scientist, even in a novel, to suggest that there is a message in the remote digits of π as Carl Sagan has done (Sagan, 1985).” [Pytanie czy pi jest liczba normalna jest wciaz pytaniem otwartym, a kazda liczna normalna zawiera w sobie wszystkie publikacje pana Yockey, rowniez te, ktore sie jeszcze nie ukazaly].

  36. Anonim
    24/05/2010 o 12:53 pm

    ja bym nie stawiał w jednym szeregu warzechy obok masłowskiej i stasiuka z ich „wybitną ” twórczością literacką. A z tego wpisu można wyciągnąć taki wniosek. Łączy ich wszyskich na pewno jedno niemicke zródło finansowe i tylko tyle! pozdrowienia panie majorze

  37. 24/05/2010 o 1:18 pm

    Anonim :

    ja bym nie stawiał w jednym szeregu warzechy obok masłowskiej i stasiuka z ich “wybitną ” twórczością literacką. A z tego wpisu można wyciągnąć taki wniosek. Łączy ich wszyskich na pewno jedno niemicke zródło finansowe i tylko tyle! pozdrowienia panie majorze

    To mówisz, mistrzu, że wydawnictwo Czarne, jest wydawnictwem niemieckim? Hmmmm…

  38. mtwapa
    25/05/2010 o 11:11 pm

    @>Quasi & cyncynat

    Może vHF lub mtwapa orientują się lepiej.

    Osobiscie jestem czarnoskrzynkowcem, tzn nie bardzo mam czas, sily i srodki aby studiowac algorytmy w programach ktore uzywam. Jest tego za duzo i ze zbyt wielu dziedzin abym zdolal sie przez to przebic. Wazne abym wiedzial ktore algorytmy sa obecnie na topie w jakims tam konkretnym zastosowaniu (np. mapowanie next gen short reads: Burrows-Wheeler transform) ale nawet w tym przypadku warto porownywac to z innymi podejsciami. Bywa tez tak ze nowe programy sprawdzajace sie w jakis shoot outach pozostaja praktycznie latami vaporware.

    Starawy ale dalej IMHO OK jako punkt startowy:
    „Phylogeny for the faint of heart: a tutorial” 2003 by Sandra L. Baldauf
    http://www.cs.queensu.ca/home/cisc875/faint.pdf

    oraz nowszy:
    „A step by step guide to phylogeny reconstruction” 2006 Harrison et al.
    http://163.238.8.180/~fburbrink/Courses/Seminar%20in%20Systematics/a%20step%20by%20step%20guide%20to%20phylogeny.pdf

    To tylko tak na wszelki wypadek gdybys sam chcial sobie robic drzewka.

  39. cyncynat
    26/05/2010 o 12:19 am

    mtwapa :
    @>Quasi & cyncynat

    Może vHF lub mtwapa orientują się lepiej.

    Osobiscie jestem czarnoskrzynkowcem, tzn nie bardzo mam czas, sily i srodki aby studiowac algorytmy w programach ktore uzywam. Jest tego za duzo i ze zbyt wielu dziedzin abym zdolal sie przez to przebic. Wazne abym wiedzial ktore algorytmy sa obecnie na topie w jakims tam konkretnym zastosowaniu (np. mapowanie next gen short reads: Burrows-Wheeler transform) ale nawet w tym przypadku warto porownywac to z innymi podejsciami. Bywa tez tak ze nowe programy sprawdzajace sie w jakis shoot outach pozostaja praktycznie latami vaporware.
    Starawy ale dalej IMHO OK jako punkt startowy:
    “Phylogeny for the faint of heart: a tutorial” 2003 by Sandra L. Baldauf
    http://www.cs.queensu.ca/home/cisc875/faint.pdf
    oraz nowszy:
    “A step by step guide to phylogeny reconstruction” 2006 Harrison et al.
    http://163.238.8.180/~fburbrink/Courses/Seminar%20in%20Systematics/a%20step%20by%20step%20guide%20to%20phylogeny.pdf
    To tylko tak na wszelki wypadek gdybys sam chcial sobie robic drzewka.

    Dzieki, ale ja chcialem pomeczyc VHF bardziej podstawowym pytaniem: na ile powaznie ewolucjonisci traktuja podobne statystyczne argumenty co w omawianym artykule: czyli wyciaganie wnioskow o przeszlym zdazeniu na podstawie bayesowskich prawdopodobienstw. Bo to magia statystyczne, imo bez glebszego uzasadnienia naukowego czy chocby filozoficznego.

  40. mtwapa
    26/05/2010 o 1:09 am

    @cyncynat:

    na ile powaznie ewolucjonisci traktuja podobne statystyczne argumenty co w omawianym artykule: czyli wyciaganie wnioskow o przeszlym zdazeniu na podstawie bayesowskich prawdopodobienstw.

    Zobacz:
    „Sequence space and the ongoing expansion of the protein universe” Povolotskaya+, 19 Mai 2010:
    http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature09105.html
    „””
    The data reported in the main text were obtained by a Bayesian approach implemented in version 3.1.2 of MRBAYES.
    „””

    => Jeszcze cieply artykul w Nature uzywajacy standardowego programu MrBayes. Nie moja dzialka wiec o wielkosci Kondrashova nie potrafie sie wypowiadac, ale nie sadze aby byl to prosty ass-prof ktoremu nagle udalo sie napisac artykul do Nature na taki temat.

    Chyba czas abym wykonal pass the buck to vHF :-).

  41. vHF
    26/05/2010 o 2:41 pm

    cyncynat—

    Sorry, ale zrobie unik. Zapierdalam ostatnio nawet nocami i chociaz chetnie sie rozerwe dyskusja z powaznymi ludzmi na tematy ewolucji itp., to nie jestem w stanie inwestowac w czytanie artykulow.

    Z tego co sie orientuje—a jestem tylko lze-biologiem, i na dodatek niestatystycznym—bayesianskie wnioskowanie jest bardzo czeste. I zgadzam sie, ze patrzac na to od strony czystej matematyki jest w zasadzie nieprawidlowe. Osobiscie mi to nie przeszkadzadza, przyznam sie.

    A teraz prosze wypuscic lwy :-)

  42. cyncynat
    27/05/2010 o 10:22 am

    vHF :
    cyncynat—
    Sorry, ale zrobie unik. Zapierdalam ostatnio nawet nocami i chociaz chetnie sie rozerwe dyskusja z powaznymi ludzmi na tematy ewolucji itp., to nie jestem w stanie inwestowac w czytanie artykulow.
    Z tego co sie orientuje—a jestem tylko lze-biologiem, i na dodatek niestatystycznym—bayesianskie wnioskowanie jest bardzo czeste. I zgadzam sie, ze patrzac na to od strony czystej matematyki jest w zasadzie nieprawidlowe. Osobiscie mi to nie przeszkadzadza, przyznam sie.
    A teraz prosze wypuscic lwy

    Nie ma sprawy :-)

  1. No trackbacks yet.

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Wyloguj / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Wyloguj / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Wyloguj / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Wyloguj / Zmień )

Connecting to %s

%d blogerów lubi to: